มูลนิธิชัยพัฒนาได้ริเริ่มโครงการศึกษาวิจัย วิธีการบำบัดน้ำเสีย กำจัดขยะมูลฝอย และการรักษาสภาพป่าชายเลนด้วยวิธีธรรมชาติตามแนวพระราชดำริ ที่ประหยัด สะดวก ทำได้ง่าย ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2533 ณ ตำบลแหลมผักเบี้ย อำเภอบ้านแหลม จังหวัดเพชรบุรี ดำเนินการบำบัดน้ำเสียจากเทศบาลเมืองเพชรบุรีและบริเวณใกล้เคียงโดยใช้หลักการ “ธรรมชาติช่วยธรรมชาติ” อาศัยจุลินทรีย์ที่มีอยู่ตามธรรมชาติในการย่อยสลายสารอินทรีย์ต่างๆที่อยู่ในน้ำ ใช้พืช เช่น ธูปฤาษี หญ้าอาหารสัตว์ในการเติมออกซิเจนให้จุลินทรีย์และดูดซึมสารต่างๆ อาศัยสายลมและแสงแดดเพื่อเติมอากาศในน้ำและทำลายเชื้อโรค รวมถึงการใช้ป่าโกงกางและการขึ้นลงของน้ำทะเลในการกรองและเจือจางน้ำเสีย โดยขั้นตอนเหล่านี้ดำเนินการผ่านระบบบำบัด 4 ระบบ ได้แก่ ระบบบ่อบำบัดน้ำเสีย (Lagoon treatment) ระบบพืชและหญ้ากรองน้ำเสีย (Plant and grass filtration) ระบบพื้นที่ชุ่มน้ำเทียม (Constructed wetland) และระบบแปลงพืชป่าชายเลน (Mangrove forest filtration)